La FNIM a été créée le 13 mars 1989 par deux Unions de mutuelles conformément à la législation de l’époque :
 une union de mutuelles interprofessionnelles du Nord Pas-de-Calais (l’UNIM) ;
 une union de mutuelles étudiantes (l’UITSEM).

Cette création avait été précédée par celle d’une « Association pour le renouveau mutualiste », dont le créateur et le Président, Michel HERMANT, a également été le Président de la FNIM de 1989 à 2002.

Michel HERMANT est actuellement administrateur de la FNIM et Président d’honneur de la Fédération.

En 2002, Romain MIGLIORINI lui a succédé jusqu’en 2005.

Aujourd’hui, la FNIM est présidée par Jacques VALES depuis juin 2005.